As equipes da Akatsuki sao colocadas em duplas mais Zetsu não tem um par para fazer dupla já que ele pode se dividir em dois.
Hidan e Kakuzu atuando como uma dupla.
Criada por Joaobr- Superior : Kakuzu
- Alvo(s) : Nibi (selado) , Kyuubi no Youko (falha)
Um rebelde ainda, sem dúvida a equipa mais eficaz, uma equipe que parecia imparável, quando juntos, algo que Shikamaru comentou sobre a necessidade de separar a dupla.Pain decidiu colocar os dois juntos por causa de suas habilidades únicas. Hidan não poderia ser morto como resultado do sucesso por que Kakuzu sempre matava seus companheiros.Portanto, Kakuzu poderia perder as estribeiras e não se preocupar com o bem-estar de Hidan . Eles se referem a si mesmos como "Combo Imortal" (不死 コンビ, Fushi Konbi), por causa de seus próprios métodos de evitar a morte.Kisame brincando refere a eles como "Irmãos Zumbi" (ゾンビコンビ, Zonbi Konbi).
Eles mostraram as mais hostilidade em relação uns aos outros devido a um conflito de interesses; Kakuzu viu os rituais e as crenças da religião de Hidan a ser um desperdício de tempo, enquanto em quanto Hidan viu a vontade Kakuzu para fazer as coisas blasfemas e sua ganância a ser insuportável, e não mencionar que o trabalho de Kakuzu como um caçador de recompensas geralmente da nos nervos de Hidan.
Pain e Konan atuando como uma dupla.
Criada por Joaobr- Superior : Pain
- Alvo(s) : Rokubi (Pain,selado) , Kyuubi no Youko (falha)
Uma equipe que funcionou muito bem uns com os outros, como evidenciado pela lealdade de Konan com o Pain.Atuando como líder da Akatsuki, Pain dirigiu o descanso da organização às suas respectivas metas, sua mais interação direta com os outros membros estava usando o Fūinjutsu: Genryū Kyū Fūjin.Além disso, Pain era o líder de Amegakure, e usou a aldeia como uma espécie de quartel-general para Akatsuki, Konan atuou como uma sub-lider da akatsuki.
Orochimaru e Sasori atuando como dupla.
Criada por Joaobr- Superior : Provalvemente Sasori
- Alvo (s) : Há uma teoria que diz que foram os dois que capturaram o Shichibi.
Sasori alegou que ele e Orochimaru trabalhou bem em conjunto durante sua parceria. No entanto, quando Orochimaru saiu da Akatsuki após sua fracassada tentativa de roubo do corpo de Itachi, Sasori desenvolveu um rancor contra seu ex-parceiro.
Deidara e Sasori atuando como uma dupla
Criada por Joaobr- Superior : Sasori
- Alvo (s) : Ichibi no Shukaku (Deidara,selado) , Kyuubi no Youko (Deidara, falha)
Formado por dois artistas da Akatsuki, Sasori e Deidara funcionavam bem em dupla na maioria das vezes, mais as vezes brigavam por causa das duas artes.Sasori acreditava toda a arte deveria ser mantido permanente, tais como suas marionetes, enquanto Deidara achava que arte era ser instantânea, em seguida, desaparecia para sempre, como o seu Kibaku Nendo.Ironicamente, porém, Sasori estava impaciente e gostava de terminar as coisas rapidamente, enquanto Deidara gostava de tomar seu tempo. Sasori também tinha uma rede de espiões que ele manipulou (sob a forma de controle da mente) para ajudar Akatsuki nos seus assuntos.Deidara era um ex-terrorista bombista de locação que mais tarde foi recrutado por Itachi.Curiosamente, ambos os membros desta equipe tomaram a decisão consciente de morrer, Sasori, permitindo-se a ser empalado por réplicas de marionetes de seus pais e Deidara se explodindo, tentando matar Sasuke Uchiha e tornando-se arte.
Deidara e Tobi atuando como uma dupla
Criada por JoaobrFormado após a morte de Sasori, Tobi foi introduzido como seu substituto facilmente encontrado.Apesar da ânsia de Tobi de agradar o seu "senpai", sua atitude infantil era visto como um incómodo para as expectativas de Deidara da organização. Deidara também tenta proteger Tobi embora esta última normalmente aborrece-lo com a sua personalidade alegre.Os dois formam uma boa duplaem luta, como mostra quando Deidara luta com Sasuke Uchiha e Tobi o ajuda com armadilhas por debaixo do chão.
Itachi Uchiha e Hoshigaki Kisame
Itachi e Kisame atuando como uma dupla.
Criada por Joaobr- Superior : Itachi
- Alvo (s) : Kyuubi no Youko (falha),Yonbi (Kisameisame selado), Hachibi (Depois da morte de Itachi, Kisame falha)
Foi uma equipe que funciono bem e foi muito eficaz.A dupla completou quase todos as missões que Pain o mandou fazer com poucos problemas com a Kyuubi no Youko foi a unica missão que falharam .Itachi trabalha como agente duplo mas nao esta na missão propositamente .Diferentemente da maioria das outras duplas da Akatsuki os dois se dão bem .Quando nao estavam em combate conversavam casualmente .Em sua batalha contra Killer Bee Kisame falhou em captura o Hachibi.No entanto esse mais tarde mostra que foi apenas uma manobra planejada por Tobi .Mas antes disso Kisame foi capaz de capturar o Yonbi.
Curiosidades 
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- Hidan e Kakuzu foram a unica dupla que morreram na mesma batalha.
- Kumogakure é até agora é a unica das Cinco Grandes Nações que nao tem um Nukenin na Akatsuki.
- Konoha tem mais Nukenin na Akatsuki que qualquer outros paises eles são : Orochimaru, Sasuke Uchiha, Tobi, Kabuto, Itachi Uchiha.
- Os três unicos Uchihas que sobraram do massacre do clã entraram pra akatsuki : Sasuke Uchiha, Itachi Uchiha e Tobi/Madara.
- Ambos os lideres da Akatsuki Tobi/Madara Uchiha e Pain usam seus anéis nos polegares.
